ちょっとつまずいたので、メモ。Textpattern 4.0.5 + さくらのスタンダードプランでの話ですが、他の場合でもいけるんじゃないでしょうか。
Textpattern を普通にインストールすると、トップページや管理画面は表示されるのですが、個別記事やセクションページなどが Internal Server Error になってしまいます。
「admin » diagnotics » Pre-flight check」を見ると、「Clean URL test failed」のエラーが出ているはずです。Clean URL がうまく行っていないみたいです。このため、トップページや管理画面などの Clean URL を使っていない部分は正常に表示されるのですね。
.htaccess を編集します。
#DirectoryIndex index.php index.html
のところをコメントアウト（行頭の「#」を外す）。さらに、
#RewriteBase /relative/web/path/
のところをコメントアウトして、トップディレクトリの相対パスを書きます。Textpattern をインストールしているのがルートディレクトリ（ http://example.com/ など）の場合、
RewriteBase /
に。サブディレクトリ（ http://example.com/blog/ など）の場合は、
Rewritebase /blog
のような形になります。ちなみに、さくらインターネットでは Options には対応していないので、コメントアウトしてはいけないようです。
このように編集した後、
「admin » diagnotics » Pre-flight check」を見ると、エラーが消えているはず。Internal Server Error も解決しているのでは。